GENETIC ANALYSIS OF SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS IN THE GENES OF LEPTIN AND CATHEPSIN F IN PIGS OF DIFFERENT BREEDS
DOI:
https://doi.org/10.37000/abbsl.2023.106.16Keywords:
pigs, breed, genotype, DNA markers, LEP SNPs g.2845 A > T, CTSF SNP g.22 C ≤ G, polymorphismAbstract
The article presents the data on the analysis carried out to determine the genetic structure of the population of pigs of French origin of different breeds (Large White, Landrace), breeds (F1 hybrid sows, Kantor hybrid boars) and subpopulations of pigs of Duroc and Piedmont breeds using the genetic markers LEP g.2845 A > T and SNP CTSF g.22 C ≤ G. The studied genes were characterised by a certain polymorphism at the two analysed SNPs. The optimal values for association studies, which provide the necessary diversity of genotypes to establish their relationship with performance indicators, are in the range from 0.25 to 0.75. Thus, according to our studies, the genetic marker LEP g.2845 is within the optimal range for representatives of the Duroc, Piedmont, Landrace and Kantor hybrid boars, and the genetic marker SNP CTSF g.22 C ≤ G is within the optimal range for almost all studied breeds and breeds, except for Landrace pigs.
References
⦁ Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидного поліморфізма g.22 G>C в гені катепсину F свиней різних порід / Є. К. Олійниченко, В. О. Вовк, Т. В. Буслик, М. О. Ільченко, В. М. Балацький. ANIMAL SCIENCE AND FOOD TECHNOLOGY. Vol. 10. №1. 2019. С. 21-26.
⦁ Assessment of quality of modern commercial pork production / Garmatyk К., Susol R., Broshkov М. et al. Food Science and Technology. 2020. Vol. 14, Issue: 2. P.42-52. DOI https://doi.org/10.15673/fst.v14i2.1718
⦁ Russo, V., Fontanesi, L., Davoli, R., Galli, S. (2004). Linkage Mapping of the Porcine Cathepsin F (CTSF) gene close to the QTL regions for Meat and Fat Deposition Traits on Pig Chromosome. Anim. Genet., 35, 155–157.
⦁ Association of LEP- and CTSF-genotypes with levels of meat quality PSE, NOR and DFD in pigs of large white breed of Ukrainian selection / I. B. Bankovska, Y. K. Oliinychenko, V. N. Balatsky et al. Agricultural Science and Practice. Vol. 7 No. 1 (2020). Р.14-23. https://doi.org/10.15407/agrisp7.01.014
⦁ Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидного поліморфізму G.22 G>C у гені катепсину F свиней різних порід / Балацький В. М., Вовк В. О., Буслик Т. В., Ільченко М. О., Олійниченко Є. К. ВІСНИК Полтавської державної аграрної академії. № 4. 2018. С.137-141.
⦁ Генетичний та асоціативний аналіз однонуклеотидних поліморфізмів в генах лептину і катепсину F свиней / Олійніченко Є. К., Баньковська І.Б., Балацький В.М., Почерняєв К.Ф., Буслик Т.В. Ільченко М.О. http://dglib.nubip.edu.ua:8080/bitstream/123456789/8355/1/38_Oliinychenko.pdf
⦁ Transcriptomic Profiling of Skeletal Muscle Reveals Candidate Genes Influencing Muscle Growth and Associated Lipid Composition in Portuguese Local Pig Breeds/ ⦁ André Albuquerque, ⦁ Cristina Óvilo, ⦁ Yolanda Núñez and others. Animals. 2021, 11(5), 1423; https://doi.org/10.3390/ani11051423
⦁ Wootichai Kenchaiwong1 , Monchai Duangjinda2, 3, and Wuttigrai Boonkum. Polymorphisms of candidate genes associated with feed efficiency and growth traits in commercial crossbred pigs. Songklanakarin J. Sci. Technol. 41 (5), 1069-1075, Sep. – Oct. 2019 file:///C:/Users/asus/Downloads/DigitalFile_486882.pdf
⦁ Roberta Davoli and Silvia Braglia. Molecular approaches in pig breeding to improve meat quality. Briefings in Functional Genomics and Proteomics. VOL 6. 2008. NO 4. 313-321 doi:10.1093/bfgp/elm036
⦁ Walsh P.S. Chelex-100 as a medium for extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material / P.S. Walsh, D. A. Metzger, R. Higuchi. BioTechniques. 1991. Vol. 10. P. 506.
⦁ Single nucleotide polymorphisms in several porcine cathepsin genes are associated with growth, carcass, and production traits in Italian Large White pigs / V. Russo, L. Fontanesi, E. Scotti, F. Beretti, R. Davoli, L. Nanni Costa, R. Virgili, L. Buttazzoni. J. Anim. Sci. 2008. Vol. 86. Р. 3300-3314.
de Oliveira Peixoto J1, ⦁ Facioni Guimarães SE, ⦁ Sávio Lopes P, ⦁ Menck Soares MA, ⦁ Vieira Pires A, ⦁ Gualberto Barbosa MV, ⦁ de Almeida Torres R, ⦁ de Almeida E Silva M Associations of leptin gene polymorphisms with production traits in pigs. ⦁ J Anim Breed Genet. 2006 Dec;123(6):37-83.
⦁ Peakall R., Smouse P. GENALEX 6: Genetic Analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes. 2006. Vol.6. P. 288-295.
⦁ Kennes, Y. M., Murphy, B. D, Palin, M. F Characterization of swine leptin (LEP) polymorphisms and their association with production traits. Animal Genetics. 2001. № 32. P. 215–218.
⦁ Russo, V., Davoli, R., Costa Nanni, L., Fontanesi, L., Baiocco, C., Buttazzoni, L., Galli, S., Virgili, R. Association of the CTSB,CTSF and CSTB genes with growth, carcass and meat quality traits in heavy pigs. Italian Journal oF Animal Science. 1998. Vol. 2. Р. 67–69.
⦁ Fast PCR. URL: ⦁ http⦁ ://⦁ www⦁ .⦁ primerdigital⦁ .⦁ com⦁ /⦁ Fastpcr⦁ .⦁ html (дата звернення: 30.12.2022).
⦁ Peakall, R. Smouse, P. E. GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes. 2006. № 6. P. 288–295.
⦁ PIC calculator. URL: http://www.liv.ac.uk/~kempsj/pic.html (дата звернення: 01.09.2020).
⦁ Лабораторні методи досліджень у біології, тваринництві та ветеринарній медицині: довідник / В. В. Влізло та ін.; за ред. В. В. Влізло. Львів : СПОЛОМ, 2012. 767 с.
⦁ Свинарство : монографія / Рибалко В. П. та ін.; за ред. В. М. Волощука. Київ: Аграрна наука, 2014. 592 с.
⦁ Бірта Г. О. Товарознавча характеристика продукції свинарства. К. : Центр учбової літератури, 2011. 144 с.
⦁ Якубчак О. М., Кравчук В. В., Таран Т. В. Критерії оцінки якості м’яса. Київ: «Компринт», 2013. 121 с.
⦁ Баньковська І. Б., Канюка О. Ю. Методичні підходи і принципи експрес-оцінки якості свинини Таврійський науковий вісник: Збірник наукових праць ХДАУ. Херсон: Айлант, 2011. Вип. 76. Ч. 2. С. 219–221.
⦁ Аналіз біометричних даних у розведенні та селекції тварин : навчальний посібник / С. С. Крамаренко, С. І. Луговий, А. В. Лихач, С. С. Крамаренко. Миколаїв: МНАУ, 2019. 211 с.
⦁ Poklukar, K.; Candek-Potokar, M.; Batorek Lukaˇc, N.; Tomažin, U.; Škrlep, M. Lipid deposition and metabolism in local and ˇ modern pig breeds: A review. Animals. 2020, 10, 424. https://doi.org/10.3390/ani10030424
⦁ Сусол Р. Л. Науково-практичні методи використання свиней породи п’єтрен у системі «генотип × середовище»: монографія. Одеса: Букаєв В. В., 2015. 177 с.
⦁ Mykhalko, O., Povod, M., Verbelchuk, Т., Shcherbyna, O., Susol, R., Kirovich, N. and Riznychuk, I. Effect of Pre-Slaughter Weight on Morphological Composition of Pig Carcasses. Open Agriculture. Vol. 7, № 1, 2022, Р. 335–347. (Scopus) DOI: ⦁ https://doi.org/⦁ ⦁ 10.1515/opag-2022-0096
⦁ Оцінка, прогнозування та виробництво якісної продукції свинарства: монографія / В. М. Волощук, О. М. Жукорський, І. Б. Баньковська, С. О. Семенов. К. : Аграрна наука, 2020. 169 с.
